En el interior se han llevado a cabo importantes transformaciones, partiendo de la avanzada ruina de algunos de sus elementos. El espacio de mayor interés arquitectónico es la llamada Panera, que levantó el alarife mayor de la ciudad, Martin de Bogas, en el año 1773. Se trata de una gran sala de planta rectangular, cubierta con bóveda de medio cañón dividido en ocho tramos mediante sencillos arcos fajones que apoyan sobre pilastras. Otro elemento de gran singularidad e interés histórico es la caja fuerte o arca, realizada en 1770, de grandes sillares de caliza roja y con doble puerta, metálica y de madera respectivamente. Se sitúa en el centro de la Casa del Mayordomo y sirve de único soporte central de la nueva estructura del piso de la planta alta, realizada ésta en madera laminada.