Su planta, de tipo basilical como todas las iglesias columnarias antequeranas, sigue el modelo de la Colegiata. En San Juan nos encontramos ante un imponente salón, en el que las tres naves quedan divididas por grandes columnas de orden toscano, sobre las que se apoyan una danza de tres arcos de medio punto a cada lado. La nave central se cubre con armadura de madera de estilo híbrido entre lo mujéjar y lo renacentista; es de planta ochavada y no lleva decoración de lazo. Las armaduras laterales son de colgadizo y sin mayor interés.

San Juan 1

En la capilla mayor, poco profunda y precedida de pilastras toscanas y arco triunfal de medio punto, podemos admirar un bello retablo de estilo manierista, realizado en 1649 por el maestro Toribio Sánchez Calvo. Se trata de una traza muy sencilla y elegante, ideada para enmarcar una serie de composiciones pictóricas de gran tamaño y diversa procedencia. Entre los retablos que decoran las naves laterales destacan de forma particular las dos enormes composiciones pictóricas de Antonio Mohedano. Se trata de dos obras de considerable empeño, pero debemos lamentar en ellas torpes repintes añadidos en distintas épocas; son: La Adoración de los pastores y La Inmaculada rodeada de santos.

Entre las capillas destaca la de Animas, totalmente reconstruida a fines de siglo XVIII. Pertenece a la Real Hermandad del Santísimo Cristo de la Salud y de las Aguas. La imagen titular del crucificado es obra de comienzos del siglo XVII. En esta capilla de Animas hay dos retablos colaterales del siglo XVIII, con esculturas de la Virgen del Rosario y de San José. El retablo principal de la capilla, fechado en 1785, parece que fue realizado por Antonio Palomo. No debemos omitir la reseña de la balaustrada de madera del coro y de la caja del órgano, de estilo manierista.