Его план, базильского типа, как и все колонные церкви Антекера, следует модели Коллегиальной церкви. В Сан-Хуане мы оказываемся перед внушительным залом, в котором три нефа разделены большими колоннами тосканского ордера, на которых покоится танец из трех полукруглых арок с каждой стороны. Центральный неф покрыт деревянными доспехами гибридного стиля между мухехаром и ренессансом; Он имеет восьмиугольный план этажа и не имеет смычкового декора. Боковые доспехи висят и не представляют особого интереса.

Сан-Хуан 1

В главной часовне, неглубокой и предваряемой тосканскими пилястрами и полукруглой триумфальной аркой, мы можем полюбоваться красивым алтарем в стиле маньеризма, выполненным в 1649 году мастером Торибио Санчесом Кальво. Это очень простой и элегантный дизайн, призванный обрамить серию живописных композиций большого размера и разнообразного происхождения. Среди алтарей, украшающих боковые нефы, особо выделяются две огромные живописные композиции Антонио Моэдано. Это две работы, требующие значительных усилий, но мы должны сожалеть о том, что в них неуклюжие перерисовки добавлены в разное время; Это: Поклонение пастухов и Непорочный в окружении святых.

Среди часовен выделяется часовня Анимаса, полностью перестроенная в конце восемнадцатого века. Он принадлежит Королевскому Братству Святого Христа Здоровья и Вод. Титульное изображение распятого является произведением начала семнадцатого века. В этой часовне Анимаса есть два побочных алтаря восемнадцатого века, со скульптурами Девы Розария и Сан-Хосе. Главный алтарь часовни, датированный 1785 годом, по-видимому, был сделан Антонио Паломо. Нельзя опустить обзор деревянной балюстрады хора и корпуса органа, в стиле маньеризма.