Son plan, de type basilical comme toutes les églises à colonnes d’Antequera, suit le modèle de la collégiale. À San Juan, nous nous trouvons devant une imposante salle, dans laquelle les trois nefs sont divisées par de grandes colonnes d’ordre toscan, sur lesquelles repose une danse de trois arcs en plein cintre de chaque côté. La nef centrale est recouverte d’armures en bois de style hybride entre le mujéjar et la Renaissance ; Il a un plan d’étage octogonal et n’a pas de décoration d’arc. Les armures latérales sont suspendues et sans grand intérêt.

San Juan 1

Dans la chapelle principale, peu profonde et précédée de pilastres toscans et d’un arc de triomphe semi-circulaire, nous pouvons admirer un beau retable de style maniériste, réalisé en 1649 par le maître Toribio Sánchez Calvo. C’est un design très simple et élégant, conçu pour encadrer une série de compositions picturales de grande taille et d’origine diverse. Parmi les retables qui ornent les nefs latérales, les deux énormes compositions picturales d’Antonio Mohedano se distinguent en particulier. Ce sont deux œuvres d’efforts considérables, mais il faut y regretter des repaints maladroits ajoutés à des époques différentes ; Ce sont: L’Adoration des Bergers et L’Immaculée entourée de saints.

Parmi les chapelles se distingue celle d’Animas, entièrement reconstruite à la fin du XVIIIe siècle. Il appartient à la Fraternité Royale du Saint Christ de la Santé et des Eaux. L’image titulaire du crucifié est l’œuvre du début du XVIIe siècle. Dans cette chapelle d’Animas il y a deux retables collatéraux du XVIIIe siècle, avec des sculptures de la Vierge du Rosaire et de San José. Le retable principal de la chapelle, daté de 1785, semble avoir été réalisé par Antonio Palomo. Il ne faut pas omettre la revue de la balustrade en bois du chœur et du buffet de l’orgue, dans le style maniériste.