Ihr Grundriss, basilikaler Typ, wie alle Säulenkirchen von Antequera, folgt dem Vorbild der Stiftskirche. In San Juan befinden wir uns vor einer imposanten Halle, in der die drei Schiffe durch große Säulen toskanischer Ordnung unterteilt sind, auf denen ein Tanz von drei halbkreisförmigen Bögen auf jeder Seite ruht. Das Mittelschiff ist mit Holzrüstungen im hybriden Stil zwischen dem Mujéjar und der Renaissance bedeckt; Es hat einen achteckigen Grundriss und keine Bogendekoration. Die Seitenpanzer hängen und sind ohne großes Interesse.

San Juan 1

In der Hauptkapelle, flach und mit toskanischen Pilastern und einem halbkreisförmigen Triumphbogen, können wir ein schönes Altarbild im manieristischen Stil bewundern, das 1649 vom Meister Toribio Sánchez Calvo geschaffen wurde. Es ist ein sehr einfaches und elegantes Design, entworfen, um eine Reihe von Bildkompositionen von großem Format und unterschiedlicher Herkunft zu umrahmen. Unter den Altarbildern, die die Seitenschiffe schmücken, stechen die beiden riesigen Bildkompositionen von Antonio Mohedano besonders hervor. Dies sind zwei Werke mit beträchtlichem Aufwand, aber wir müssen bedauern, dass in ihnen ungeschickte Neuanstriche zu verschiedenen Zeiten hinzugefügt wurden; Sie sind: Die Anbetung der Hirten und Die Unbefleckte, umgeben von Heiligen.

Unter den Kapellen sticht die von Animas hervor, die im späten achtzehnten Jahrhundert komplett umgebaut wurde. Es gehört der Royal Brotherhood of the Holy Christ of Health and Waters. Das Titelbild des Gekreuzigten ist das Werk des frühen siebzehnten Jahrhunderts. In dieser Kapelle von Animas gibt es zwei Nebenaltarbilder aus dem achtzehnten Jahrhundert, mit Skulpturen der Jungfrau des Rosenkranzes und San José. Das Hauptaltarbild der Kapelle aus dem Jahr 1785 scheint von Antonio Palomo geschaffen worden zu sein. Wir dürfen die Überprüfung der hölzernen Balustrade des Chores und des Orgelgehäuses im manieristischen Stil nicht auslassen.