El primitivo estilo de la Colegiata es el de un renacimiento todavía indeciso. Presenta tres cuerpos. El inferior se encuadra por pares de columnas de fuste estriado y capiteles de forma corintia y composición algo fantástica. Las enjutas del arco de acceso se decoran con dos clípeos que encierran bustos de Santiago y San Felipe. El segundo cuerpo presenta balaustres y nichos venerados de poca profundidad que ocupan esculturas de San Pedro, San Pablo y San Sebastián. En el ático campean las armas del emperador Carlos V, insertas en el águila bicéfala. Es interesante observar el Hércules niño y las representaciones del Crepúsculo y la Noche, que fueron recostadas a ambos lados, quizás por un fallo de los canteros.
Muy interesante es la torre, comenzada a levantar en el primer cuerpo de sillería por Ignacio de Urzueta y continuada a partir del año 1701 por el alarife antequerano Andrés Burgueño. Posteriormente, en el año 1722, Nicolás Mejías sustituyó el chapitel primitivo por otro que se destruyó en 1926 a causa de un incendio. Dos años después se realizó el chapitel actual. El elemento que ha permanecido a pesar de las transformaciones es el Angelote, nombre con el que se conoce popularmente al ángel custodio que corona la torre y sirve de veleta.
El interior de San Sebastián presenta tres naves separadas por pilares de planta cruciforme y medias columnas jónicas adosadas. Sobre estos pilares descansan arcos de medio punto. Las naves se cubrían con armadura de madera, hoy ocultas con bóvedas de yeso. En el centro de la nave encontramos el coro, con interesante sillería tallada en madera, procedente del desamortizado convento de San Agustín, y dos órganos de estilo barroco.
En la nave del Evangelio, junto a la puerta de la sacristía, se encuentra el sepulcro de Rodrigo de Narváez, primer alcaide de la ciudad.
La iglesia de San Sebastián es sede de celebraciones religiosas y forma parte del conjunto Histórico-Artístico de la ciudad.
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