Le style primitif de la Collégiale est celui d’une Renaissance encore indécise. Il a trois organes. La partie inférieure est encadrée par des paires de colonnes cannelées et de chapiteaux de forme corinthienne et de composition quelque peu fantastique. Les écoinçons de l’arc d’accès sont décorés de deux clypeos qui renferment les bustes de Santiago et San Felipe. La deuxième section présente des balustres et des niches. venerados profondes abritant des sculptures de saint Pierre, saint Paul et saint Sébastien. Les armoiries de l’empereur Charles Quint sont mises en valeur dans le grenier. , inséré à l’intérieur de l’aigle bicéphale. Il est intéressant d’observer l’Hercule enfant et les représentations du Crépuscule et de la Nuit, qui étaient penchant des deux côtés, peut-être à cause d’une erreur des tailleurs de pierre.

Très intéressante est la tour, commencée à élever dans le premier corps de maçonnerie en pierre de taille par Ignacio de Urzueta et poursuivie à partir de 1701 par le maître d’œuvre Andrés Burgueño d’Antequera. Plus tard, en 1722, Nicolás Mejías a remplacé la flèche d’origine par une autre qui a été détruite en 1926 à cause d’un incendie. Deux ans plus tard, la flèche actuelle a été fabriquée. L’élément qui est resté malgré les transformations est le requin ange, le nom sous lequel l’ange gardien qui couronne la tour et sert de girouette est populairement connu.
L’intérieur de Saint-Sébastien a trois nefs séparées par des piliers cruciformes et des demi-colonnes ioniques attachées. Sur ces piliers reposent des arcs en plein cintre. Les nefs étaient recouvertes d’armures en bois, aujourd’hui cachées par des voûtes en plâtre. Au centre de la nef, nous trouvons le chœur, avec une maçonnerie intéressante sculptée dans le bois, du couvent désaménagé de San Agustín, et deux orgues de style baroque.

Dans la nef de l’Évangile, à côté de la porte de la sacristie, se trouve le tombeau de Rodrigo de Narváez, le premier maire de la ville.
L’église San Sebastián est le lieu des célébrations religieuses et fait partie du complexe historico-artistique de la ville.
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