El primitivo estilo de la Colegiata es el de un renacimiento todavía indeciso. En su fachada lo más interesante es su bella portada renacentista. Presenta tres cuerpos. El inferior se encuadra por pares de columnas de fuste estriado y capiteles de forma corintia y composición algo fantástica. Las enjutas del arco de acceso se decoran con dos clípeos que encierran bustos de Santiago y San Felipe. El segundo cuerpo presenta balaustres y nichos avenerados de poca profundidad que ocupan esculturas de San Pedro, San Pablo y San Sebastián. En el ático campean las armas del emperador Carlos V insertas en el águila bicéfala. Es interesante observar el Hércules niño y las representaciones del Crepúsculo y la Noche, que fueron colocadas en el aire, quizás por un fallo de los canteros.
Muy interesante es la torre, comenzada a levantar en el primer cuerpo de sillería por Ignacio de Urzueta y continuada a partir del año 1701 por el alarife antequerano Andrés Burgueño. Posteriormente, en el año 1722, Nicolás Mejías sustituyó el chapitel primitivo por otro que se destruyó en 1926 a causa de un incendio. Dos años después se realizó el chapitel actual. El elemento que ha permanecido a pesar de las transformaciones es el Angelote, nombre con el que se conoce popularmente al ángel custodio que corona la torre y sirve de veleta. Este faro terrestre presenta una compleja estructuración arquitectónica en los cuerpos de ladrillo, así como su decoración general basada en aplicaciones de golpes de barro cocido, modelados, tallados y distribuidos con acierto y elegancia.
El interior de San Sebastián presenta tres naves separadas por pilares de planta cruciforme y medias columnas jónicas adosadas. Sobre estos pilares descansan arcos de medio punto. Las naves se cubrían con armadura de madera, hoy ocultas con bóvedas de yeso. Nada sabemos de cómo pudo ser la capilla mayor, ya que una explosión la destruyó totalmente. En el centro de la nave encontramos el coro, con interesante sillería tallada en madera, procedente del desamortizado convento de San Agustín, y dos órganos de estilo barroco. Sobre las gradas del presbiterio se ubica el tabernáculo de madera dorada, que se realizó para la capilla mayor de Santa María, templo del que fue traído cuando se trasladó la Colegiata.
En cuanto a la retablística, merece destacar el de Santa María de la Esperanza, que ocupa el testero de la nave del evangelio, obra de Bernardo Simón de Pineda. Son anteriores a este retablo las imágenes de San Sebastián y Santa María de la Esperanza, escultura gótica de comienzos del siglo XV, aunque su estofado y paños le fueron renovados a fines del siglo XVII. En el testero de la nave de la epístola se encuentra el retablo de la Virgen de la Antigua, imagen renacentista, que procede de la Colegiata de Santa María, elegantísima de composición y perfecta de modelado.
En la nave del Evangelio, junto a la puerta de la sacristía, se encuentra el sepulcro de Rodrigo de Nárvaez, primer alcaide de la ciudad. En la nave de la Epístola cabe reseñar una Dolorosa de vestir de fines del siglo XVIII, posiblemente de Miguel Márquez García. En la entrada en el muro del trascoro encontramos un aparatoso retablo neogótico de finales del siglo XIX. Sus ornacinas están ocupadas por tres obras de Andrés de Carvajal, En el centro el Cristo del Mayor Dolor, obra cumbre del artista, que representa a Jesús después de la flagelación, arrodillado y recogiendo su túnica. Gran parte del antiguo y riquísimo tesoro de la Colegiata fue trasladado a esta iglesia y en la actualidad se expone en el Museo de la Ciudad.
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