Este centro municipal se encuentra ubicado en parte de las dependencias del antiguo Real Monasterio de San Zoilo, concretamente en el claustro.
El convento de la orden de franciscanos observantes fue el primero en erigirse en la ciudad. Fue a partir de una real provisión de los reyes Isabel y Fernando de 18 de septiembre de 1500, en la que dan cumplimiento a la voluntad de su hijo Juan, de levantar un monasterio en Antequera dedicado a San Zoilo.
Para ello, aportaron la suma de 600.000 maravedíes. Las obras se desarrollaron entre 1501 a 1515, bajo la dirección del arquitecto Enrique Egas.
El claustro donde se ubica la Biblioteca Municipal, responde al estilo gótico Reyes Católicos. Presenta galerías en las dos plantas, la baja con arcos de medio punto y la superior rebajados. Las columnas de las planta baja de arenisca como la de la logia superior, fueron sustituidas por otras en caliza roja de orden toscano.
El edificio fue rehabilitado para uso de biblioteca en 2002, momento en que se reconstruye la escalera de acceso de tipo imperial, obra que en su día se documenta al alarife Francisco Gutiérrez Garrido, que tuvo un destacado papel en las obras que, a lo largo del último cuarto del siglo XVI, se efectuaron tanto en la iglesia conventual como en el claustro.