L’église originelle de San Pedro fut bâtie en1522, mais elle devint vite trop exigüe. Les travaux reprirent en 1574 et se prolongèrent pendant de nombreuses années en raison de difficultés financières et de l’ambition exagérée du projet. L’architecte de la cathédrale de Malaga, Pedro Diaz de Palacios dirigea les travaux en 1627 et 1636. L’église de San Pedro fait partie du groupe d’églises à colonnes de style Renaissance. Néanmoins, contrairement aux églises de San Juan et de Santa Maria, elle est coiffée d’une voûte en croisée d’ogives de style gothique et non pas d’armatures mudéjares. La salle de colonnades s’avère imposante en raison de sa grandeur mais relativement pauvre en ornements. Les nefs se divisent en six parties, les deux premières étant beaucoup moins élevées que les autres. Les appuis internes sont constitués d’énormes piliers et de très hautes colonnes aux fûts lisses. Le modèle répond davantage au style gothique qu’à celui de la Renaissance. Les voûtes en croisée d’ogives sont très sobres et sont décorées d’ornements en plâtre de style baroque au chevet de la nef de l’Evangile. Le retable de la Chapelle principale orné d’ornements en plâtre polychromes date probablement du premier tiers du XVIIIe siècle. Il présente deux corps et un attique dans lesquels se trouvent treize tableaux dont les cadres sont en plâtre. La coupole, superposée de façon un peu arbitraire sur le retable, provient de la Chapelle principale de Santa Maria (probablement transportée vers la fin du XVIIIe siècle). En dessous, se trouve un petit retable aux colonnes de style corinthien autour d’un entablement denticulé en plein cintre. Dans la nef de l’Evangile, à l’entrée, se trouvent un très beau tableau de la Virgen del Silencio et une chapelle qui abrite la statue de la Vierge del Consuelo, dolorosa à vêtir du XVIIIe siècle, dont l’arc est décoré par un encadrement architechtonique en plâtre polychromé. Le chevet de la nef est occupé par un retable aux grandes proportions datant de la première moitié du XVIIIe siècle et dans lequel se trouvent les très belles sculptures de San Antonio et de San Francisco Javier, datant du XVIIe siècle. Une vierge immaculée d’une taille inférieure à la taille réelle et de style rococo occupe la niche centrale. A côté de la porte de la Sacristie et dans la nef de l’Epître se trouve un petit retable de la fin du XVIIIe siècle avec un intéressant “Niño Jesús Pasionario”, également de taille inférieure à la réelle. A l’intérieur de ce même chevet, une toile de l’école sévillane représente le Christ défunt entouré de jeunes anges. Le retable suivant, en bois doré et de composition très simple, représente la Virgen de los Afligidos. Du point de vue architectural, la Chapelle d’Animas dont la voûte et la naissance de l’arc sont ornées de riches décorations en plâtre, mérite une attention particulière. Le retable principal date du XVIIIe siècle. A l’intérieur de la niche centrale, parmi les petites figures des Animas (âmes) dans les flammes se dresse la figure du Christ de la Miséricorde crucifié par un disciple, oeuvre de Pedro de Mena. Les retables latéraux datent du XVIIIe siècle et sont successivement occupées par la “Virgen de la Antigua”, statue du XVIe siècle et d’autres sculptures présentant un intérêt relatif. En continuant le parcours, il faut mentionner la majestueuse sculpture du “Cristo de las Penas”, crucifié du XVIIe siècle, très travaillé, et dont les bras ont la particularité d’être presque verticaux , comme le proposaient les jansénistes, les fonds baptismaux qui datent du XVIe siècle et sont taillés en pierre calcaire rouge d’El Torcal et, pour finir, une toile intéressante représentant le baptême du Christ. La sacristie est de plan rectangulaire. Elle est recouverte d’une voûte en demi berceau et divisée en trois tronçons par des arcs doubleaux. La table centrale et le lave-mains constituent des pièces dignes d’intérêt.