Географическое расположение Антекеры сделало город точкой пересечения торговых путей и местом жизни людей, которые со времен палеолита населяли территорию Иберийского полуострова. Бронзовый век оставил нам самые важные доисторические свидетельства существования поселений на месте Антекеры: дольменные комплексы Менга, Вьера и Эль-Ромераль, датированные 2500–2000 годами до нашей эры.

Антикария, Сингилия Барба, Ацилия Плекуса и многие другие римские города, обнаруженные во время археологических раскопок, демонстрируют процесс романизации зоны, одной из жемчужин которой является так называемый Антекерский Эфеб, бронзовая скульптура, хранящаяся сегодня в Музее города.

С приходом мавров город приобретает свои очертания и арабское имя, Медина Антакира. С середины XIII века, после завоевания Севильи и Хаэна, город становится пограничной военной крепостью исключительного значения. Испанские короли понимали важность Антекеры, считая ее «ключем к Гранадскому халифату», и неоднократно пытались завоевать город. В итоге это удалось Фердинанду I Арагонскому (за взятие города получившему прозвище «Антекерский») 16 сентября 1410 года.

Включение Гранадского халифата (1492) в Кастильскую Корону изменило статус Антекеры, превратившейся из военного плацдарма в растущий и развивающийся город.

В XVI веке Антекера представляла из себя один из важнейших населенных пунктов Андалусии благодаря большой торговой активности – она находилась (и по сей день находится) на перекрестке коммерческих дорог Севилья-Гранада и Малага-Кордова.

Постройка коллегиальной церкви Санта-Мария-ла-Майор в середине XVI века значительно обогатила культурную жизнь города: под сенью кафедр грамматики и латыни работали такие выдающиеся личности, как Хуан де Вильчес, Педро Эспиноса и Кристобалина Фернандес де Аларкон – именно благодаря им зародилась Антекерская поэтическая группа маньеризма и барокко.

Антекера хранит в величайшее архитектурно-религиозное наследие того времени: церкви Святого Себастьяна, Святого Иоанна Крестителя и Святого Петра, Святого Исидора и Святой Марии Надежду Подающей. В это же время в городе стали строиться монастыри религиозных орденов: Сан-Сойло, Сан-Агустин, Эль-Кармен, Ла-Энкарнасьон и другие. Рядом с церковными постройками выросли и светские здания: Арка Гигантов, замок Папабельотас, здание мэрии и многие другие.

XVII и XVIII века в культурной жизни Антекеры отмечены влиянием маньеризма и барокко – эти стили наложили неизгладимый отпечаток на городскую эстетику. В это время были построены церкви Троицы, Иезуитская (Лорето) и Санто-Доминго, были заложены первые камни церквей Белен, Сан-Хуан-де-Дьос и Лос-Ремедиос. Также в XVII-XVIII веках был возведен один из важнейших монументов Антекеры – башня Коллегиальной церкви Святого Себастьяна с ее великолепными алтарями и штукатурными орнаментами.

Художественные приметы Антекеры XVIII века – это кирпичные церкви с диковинными белыми вязями в орнаментах пышно украшенных интерьеров, городская перепланировка, рост влияния религиозных братств и начало поклонения конкретным образам Богоматери. В это время были построены церкви Виктории, Лас-Дескальсас, Санта-Каталина, Мадре-де-Дьос, Санта-Эуфемия, Сантьяго, Санта-Клара, Ла-Каридад, Ла-Эскуэла-де-Кристо, Сан-Мигель и другие. Также нельзя забывать о славе антекерских мастеров по серебру, которые в XVIII веке объединялись вокруг братства Сан-Элой.

Дома простого народа этой эпохи обладают весьма оригинальными характеристиками, контрастируя с пышными дворцами и особняками знати, которые также начинают появляться в Антекере в это время. Самые известные из этих роскошных зданий – дворцы маркиза Вильядариас, графа Пинофиель, графа Колчадо, графа Вальдельяно, барона Сабасона и другие.

В XIX веке начинается рост города как в демографическом, так и в экономическом смысле. Буржуазия взяла на себя инициативу поддержки промышленности, основываясь на традиционных видах ремесленного производства региона, в  первую очередь, шерстяного текстиля.

Начало ХХ века ознаменовалось в Антекере переделом структуры собственности и переориентацией сельского хозяйства, которое понемногу стало переходить на посевы злаковых и делать основной акцент на выращивании и переработке оливок, а также угасанием промышленного производства, восстановление которого пришлось на 70-80-е года прошлого века.

В XXI веке Антекера переживает сильный рост туризма, которому способствуют ее удачное географическое расположение и транспортная доступность, а также усилия горожан по сохранению своего историко-художественного наследия, одним из крупнейших достижений которых стало создание Музея города.